第一编“总则”规定生态环境领域的重要法律原则和基础性、综合性、普遍性的法律制度，统领其他各编。原则上将适用于第二编“污染防治”、第三编“生态保护”、第四编“绿色低碳发展”的通用性制度规范，如生态环境领域规划、标准、监测、影响评价、突发生态环境事件应对等，提炼归纳在第一编“总则”中规定。同时，注重处理好与有关法律的关系，将现行环境保护法、环境影响评价法的主要内容编纂进第一编“总则”，并吸收长江保护法、黄河保护法、青藏高原生态保护法等近年来新制定、修改的法律所规定的有关新制度内容。此外，第一编“总则”积极总结生态环境保护工作中的实践经验，将各方面认识较为一致、比较成熟的做法上升为法律规定，体现法典的实践性。
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船舶未依法悬挂中华人民共和国国旗或者违法悬挂其他国家、地区或者组织的旗帜航行的，由有关机关责令改正，并依法追究法律责任。